Activitatea HDAC3 este asociată cu reprimarea transcripțională, dar există și dovezi că HDAC3 îndeplinește funcții non-enzimatice în activarea transcripțională, de exemplu în răspunsul inflamator la lipopolizaharide (LPS). Un raport publicat în Nature descrie mecanismul prin care HDAC3 poate regla răspunsul LPS prin echilibrarea activării și reprimării transcripționale. Rolurile opuse pe care le poate îndeplini HDAC3 trebuie luate în calcul atunci când se prescriu pacienților inhibitori de HDAC.
